Q

.php3の拡張子のファイルにてPHPバージョン4を実行したいのですが可能でしょうか？

可能です。
.php3の拡張子でPHP4を実行されたいディレクトリに下記の２行をファイル名 .htaccess として配置していただくことにより、ディレクトリ単位で個別に.php3拡張子にて PHP4 が実行可能となります。

.htaccessの内容
AddType application/x-httpd-php .php .php3
AddType application/x-httpd-php-source .phps