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MySQLのキャラクタエンコーディングが日本国内向けのサービスを提供している業者でも確認したところでは、デフォルトのlatin1に設定されたままの業者が多いのですが、正常に日本語を扱えるようujisやsjisなどの設定になっていますか？(ujisが望ましい)

標準で ujis になっております。